Protel99SE提供了模擬/數字混合仿真
，其仿真引擎使用伯克利分校的SPICE3f5/xspice，它可以精確的仿真由各種元器件構成的電路。對於複雜的數字器件，Protel99SE允許使用一種特殊的描述性語言(Digital SimCode),設計者可通過它建立相應的數字器件模型，以供Protel99SE仿真使用。它所執行的分析功能有：

(1)靜態工作點分析(Operating Point):
靜態工作點分析可用於分析直流穩態電路和交流放大電路的靜態工作點。選擇合適的靜態工作點是交流放大電路進行正常工作的前提。

(2)直流掃描分析(DCS)：
直流掃描分析是直流轉移特性分析
，允許設置兩個掃描變量，通常第一個掃描變量(主獨立源)所覆蓋的區間是內循環
，第二個掃描變量(次獨立源)掃描區間為外循環。

(3)交流小信號分析(AC Small Signal):
jiaoliuxiaoxinhaofenxishiyizhongxianxinglingyufenxi
，fangzhenchengxujiangshouxianfenxijisuandianludezhiliugongzuodian，yiquedingdianluzhongfeixianxingyuanjiandexianxinghuamoxingcanshu，ranhouzaishejizhezhidingdepinlvfanweinei，duibianhuanhoudexianxinghuadianlujinxingpinlvsaomiaofenxi。

(4)瞬態分析(Transient Analysis):
瞬態分析是一種非線性時域分析方法，它可以在給定激勵信號(或無任何激勵)的條件下，計算電路的時域響應。它類似於利用示波器觀察各節點電壓或電流的波形。瞬態分析時，電路的初始狀態允許設計者自行指定。

(5)溫度掃描分析(Temperature Sweep):
溫度掃描分析是指在一定溫度範圍內進行電路參數計算，從而確定溫度漂移等性能指標。它不能單獨使用
，必須在瞬態分析、直流掃描分析或交流小信號分析時，才允許使用溫度掃描分析。

(6)傅立葉分析(Fourier Analysis):
傅立葉分析是在大信號正弦瞬態分析時，對輸出的最後一個周期波形進行諧波分析。一個周期為T的函數g(t).

(7)噪聲分析(NOISE)：
噪zao聲sheng分fen析xi可ke通tong過guo繪hui製zhi噪zao聲sheng譜pu密mi度du圖tu
，以yi確que定ding電dian阻zu噪zao聲sheng和he半ban導dao體ti噪zao聲sheng對dui噪zao聲sheng特te性xing的de影ying響xiang。噪zao聲sheng譜pu密mi度du按an每mei赫he茲zi噪zao聲sheng強qiang度du繪hui製zhi，係xi統tong能neng夠gou計ji算suan下xia列lie噪zao聲sheng：輸入噪聲、輸出噪聲和器件噪聲。

(8)傳遞函數分析(Transfer Function)：
傳遞函數分析是在直流工作點的基礎上，在電路直流偏置附近將電路線性化，從而計算電路的輸入阻抗，輸出阻抗以及直流增益。

(9)蒙特卡羅分析(Monte Carlo)：
蒙meng特te卡ka羅luo分fen析xi是shi一yi種zhong統tong計ji模mo擬ni方fang式shi，它ta是shi在zai給gei定ding電dian路lu元yuan器qi件jian參can數shu容rong差cha的de統tong計ji分fen布bu規gui律lv的de條tiao件jian下xia
，用yong一yi組zu組zu偽wei隨sui機ji數shu求qiu得de元yuan件jian參can數shu的de隨sui機ji抽chou樣yang序xu列lie。對dui這zhe些xie隨sui機ji抽chou樣yang的de電dian路lu進jin行xing直zhi流liu
、交流小信號、瞬態分析，並通過多次分析的結果估算出電路性能的統計分布規律以及電路的合格率、成本等等。

(10)參數掃描分析(Parameter Sweep):
參can數shu掃sao描miao分fen析xi允yun許xu設she計ji者zhe在zai指zhi定ding的de範fan圍wei內nei，以yi自zi定ding義yi的de增zeng幅fu掃sao描miao元yuan件jian的de參can數shu值zhi，它ta可ke以yi與yu其qi它ta分fen析xi方fang法fa配pei合he起qi來lai使shi用yong
，對dui電dian路lu所suo執zhi行xing的de分fen析xi進jin行xing參can數shu掃sao描miao
，對dui於yu研yan究jiu電dian路lu參can數shu變bian化hua對dui電dian路lu特te性xing的de影ying響xiang提ti供gong了le很hen大da的de方fang便bian。

另外，Protel99SE還可以方便對波形進行多種函數運算，如：求平方

、正弦、對數、導數、反相等。